Las ramas de este género de gorgonia se encuentran aplanadas. En Pterogorgia citrina, las ramas en vista transversal tienen forma de listón.

Las colonias pertenecientes a esta especie son pequeñas, en raras ocasiones mayores a 30 cm de altura y presentan una coloración entre amarillo y naranja. Los pólipos emergen de aberturas dispuestas a lo largo de las hojas, en lugar de originarse a partir de una ranura en común como en P. guadaloupensis.