Las colonias son ramificadas con macizos más irregulares y brazos más alargados que en Madracis auretenta. En corte transversal las ramas tienen forma irregular. Ramas incipientes ocasionan que las puntas tengan forma de mazo.

Presenta una coloración verde, verde-amarillenta, amarillo-café u obscura. Los pólipos de esta especie tienen color amarillo a diferencia de los pólipos en M. decactis. Las ramas normalmente son más largas que en M. decactis y más gruesas que en M. auretenra.

Los coralitos normalmente tienen 8 septos a diferencia de M. decactis y M. auretenra, donde los coralitos presentan 10 septos. Esta especie se confunde fácilmente con Madracis carmabi, la cual presenta la misma morfología pero con 10 septos en cada coralito lo que ha originado que algunos autores consideren a M. carmabi como una especie híbrida.