Las ramas de este género de gorgonia se encuentran aplanadas. En Pterogorgia guadalupensis, las ramas en vista transversal tienen forma de listón.

Las colonias de esta especie son un poco más pequeñas que en P. anceps. Los pólipos emergen de ranuras localizadas a lo largo de los bordes de las hojas. Esta característica puede utilizarse para distinguir a las pequeñas colonias pertenecientes a esta especie de las colonias de P. citrina, las cuales son generalmente mucho más pequeñas y en raras ocasiones exceden los 0.5 m de altura.